Šiaulių tardymo izoliatorius yra 220 km į šiaurės vakarus nutolęs nuo Vilniaus. Jis pastatytas 1911 m. priešais buvusį senąjį dviejų aukštų kalėjimą. Okupacinė caro valdžia kalėjimui skyrė1,17 ha žemės plotą. Pagrindiniame raudonų plytų 3-jų aukštų korpuse buvo įrengtos kameros 150 kalinių, ligoninė, virtuvė, kepykla, cerkvė, vaistinė, gydytojo kabinetas, tualetai ir vonios kambariai. Administraciniame 3-jų aukštų raudonų plytų korpuse buvo įrengtos kalėjimo administracijos tarnybinės patalpos ir gyvenamieji butai. Vonia ir skalbykla buvo įrengta atskirame 2-jų aukštų raudonų plytų pastate. Ūkinės patalpos buvo įrengtos plytiniame 2-jų aukštų pastate. Pastatyti 2 mūriniai rūsiai iš viršaus užpilti žemėmis. Čerpėmis dengtame mūriniame pastate įrengta lavoninė. Visa kalėjimo teritorija buvo apjuosta 2-jų raudonų plytų storio tvora iš viršaus dengta cinkuota skarda. Iš kiemo pusės buvo pastatyta medinė tvora, įrengti 2-ji mediniai vartai. 1911 m. gruodžio 4 d. buvo pašventintas naujasis Šiaulių kalėjimas ir cerkvė. Caro valdžios laikotarpiu kalėjimas vadinosi 2-uoju Kauno gubernijos Šiaulių apskrities kalėjimu. 1911 m. jame dirbo 28 prižiūrėtojai.

Pirmojo pasaulinio karo metais Šiaulių kalėjimas buvo evakuotas, o kalėjimo kanceliarija perkelta į Panevėžį .

Nepriklausomos Lietuvos metais Šiaulių kalėjimas buvo pavaldus Teisingumo ministerijos Kalėjimų departamentui, o patys kaliniai - prokuratūrai. 1921 m. gruodžio 6 d. prie Šiaulių kalėjimo buvo atidarytas sunkiųjų darbų skyrius, o nuo 1922 m. vasario 1 d. - įsteigtas sunkiųjų darbų kalėjimas. Įsteigus šį kalėjimą labai išaugo kalinių skaičius. 1921 m. čia kalėjo 61 kalinys (43 vyrai ir 18 moterų), 1922 m. - 343 kaliniai (316 vyrų ir 27 moterys), o 1926 m. - 588 kaliniai (553 vyrai ir 35 moterys), nors vietų (lovų) jame buvo tik 323. Kalėjimą aptarnavo 90 žmonių personalas, iš kurių - 72 prižiūrėtojai, viršininkas, 2 viršininko pavaduotojai, 3 medicinos personalo darbuotojai, mokytojas ir 4 dvasiškiai. Kalėjime buvo įrengtos stalių, kalvių, šaltkalvių, batsiuvių dirbtuvės, siuvykla, knygrišykla. Taip pat buvo suburtas 16-17 žmonių styginių instrumentų orkestras, įsteigta mokykla, kurią lankė apie 60 kalinių, biblioteka, kurioje buvo apie 1200 knygų, tikintiesiems įrengta bažnyčia. Kalėjimas turėjo savo ūkį už miesto. Kalėjimas buvo bendras vyrams, moterims ir nepilnamečiams. Tuo metu buvo kalinami tardomieji, nuteisti sunkiųjų darbų kalėjimo, paprasto kalėjimo, areštuotieji, persiunčiamieji ir politiniai kaliniai.

1940 m. tarybų valdžiai okupavus Lietuvą, SSSR pavyzdžiu reorganizuota ir Lietuvos kalėjimų sistema. Lietuvos VR LK (Vidaus reikalų liaudies komisariatas) sistemoje įkurtas Kalėjimų skyrius. Šiaulių kalėjimui suteiktas numeris 5. 1940-1941 m. kalėjime buvo kalinami tarybų valdžiai neįtikę vietos gyventojai, kuriems buvo pateikti politiniai kaltinimai ir taikomas 58 staipsnis (kontrevoliuciniai nusikaltimai, teroristiniai aktai, propaganda ir agitacija, dalyvavimas nusikalstamoje organizacijoje, šnipinėjimas, aktyvi kova prieš darbininkų klasę). Prasidėjus karui, Šiaulių kalėjimo kaliniai evakuoti - vieni išvežti į Jelgavą, kiti į Leningrado srities kalėjimus. 

Antrojo pasaulinio karo metais kalėjime šeimininkavo nacių kariuomenė. Jie kalėjime kalino ne tik žydus, bet ir jiems nepaklusnius lietuvius. 1941-1944 m. iš šio kalėjimo didelėmis grupėmis žmonės buvo vežami sušaudyti, o jų vietas užimdavo vis nauji suimtieji.

Nuo 1964 m. Šiaulių kalėjimas funkcionuoja kaip tardymo izoliatorius ir jame laikomi asmenys, kuriems paskirta kardomoji priemonė - suėmimas.

Šiaulių tardymo izoliatorius aptarnauja 26 centrinės ir vakarų Lietuvos rajonus. Jame laikomi vyrai, moterys ir nepilnamečiai.