Vadovaujantis Laisvės atėmimo vietų ligoninės nuostatų, patvirtintų Lietuvos Respublikos teisingumo 2014 m. kovo 6 d. įsakymu Nr. 1R-65 „Dėl Kalėjimų departamentui prie Lietuvos Respublikos teisingumo ministerijos pavaldžių įstaigų nuostatų patvirtinimo“ 8 ir 9 punktais, įstaiga, įgyvendindama jai pavestus tikslus, vykdo šias funkcijas:

Asmens sveikatos priežiūros srityje:

• užtikrina pacientams būtinąją medicinos pagalbą ištisą parą;

• teikia pacientams asmens sveikatos priežiūros paslaugas, kurios nurodytos Laisvės atėmimo vietų ligoninei išduotoje licencijoje;
• užtikrina, kad Laisvės atėmimo vietų ligoninėje būtų naudojamos tik nustatyta tvarka aprobuotos ir leistos naudoti Lietuvoje diagnostikos ir gydymo priemonės, kitos sveikatos priežiūros technologijos;
• pildo medicininę dokumentaciją apie pacientus ir Laisvės atėmimo vietų ligoninės veiklą teisės aktų nustatyta tvarka;
• užtikrina lygias pacientų teises į teikiamas asmens sveikatos priežiūros paslaugas;
• teisės aktų nustatyta tvarka informuoja sveikatos priežiūros valdymo subjektus, savininko teises ir pareigas įgyvendinančią instituciją ir Kalėjimų departamentą apie Laisvės atėmimo vietų ligoninėje įvykusius vidaus infekcijų atvejus ir protrūkius, visus žalos pacientų sveikatai ir gyvybei padarymo atvejus, nepriklausomai nuo to, kur jie buvo padaryti;
• organizuoja pacientams reikalingų asmens sveikatos priežiūros paslaugų suteikimą viešosiose asmens sveikatos priežiūros įstaigose, kai tokių paslaugų pati Laisvės atėmimo vietų ligoninė negali ar neturi teisės teikti;
• atlieka arešto ir laisvės atėmimo bausmes atliekančių nuteistųjų, kuriems įtariama sunki nepagydoma liga ar psichikos liga, dėl kurios jie negali suvokti savo veiksmų ir esmės jų valdyti, sveikatos būklės patikrinimus ir rengia dokumentus dėl nuteistųjų atleidimo nuo bausmės dėl ligos arba priverčiamųjų medicinos priemonių taikymo nuteistajam proceso pradėjimo;
• dalyvauja asmens sveikatos priežiūros metodiniame darbe, rengiant ir įgyvendinant sveikatinimo programas;
• įstatymų nustatyta tvarka atlygina teikiant paslaugas paciento sveikatai padarytą žalą;
• užtikrina pacientų, laikomų Laisvės atėmimo vietų ligoninėje, maitinimą ir materialinį aprūpinimą pagal Lietuvos Respublikos Vyriausybės nustatytas normas, buitines sąlygas, nežeminančias žmogaus orumo ir atitinkančias Lietuvos higienos normas;
• organizuoja pacientų ir į Laisvės atėmimo vietų ligoninės administraciją asmeniniais klausimais besikreipiančių piliečių priėmimą;
• nustatyta tvarka įsigyja reikalingos įrangos, medžiagų ir kitų vertybių;
• užtikrina tinkamą pastatų, statinių, inžinerinės bei kitos technikos naudojimą ir remontą;
• rengia mėnesinius, ketvirtinius ir metinius biudžeto išlaidų sąmatų vykdymo ataskaitų rinkinius ir ketvirtinės ir metinės finansinės atskaitomybės dokumentų rinkinius, atlieka materialinių vertybių ir lėšų metines inventorizacijas;
• periodiškai analizuoja, prognozuoja ir planuoja įstaigos tarnybinę, ūkinę ir finansinę veiklą, kaupia statistinę ir kitą informaciją;
• Kalėjimų departamento direktoriaus nustatyta tvarka per kompiuterizuotą valstybės biudžeto apskaitos ir mokėjimo sistemą atlieka mokėjimo paraiškų ir buhalterinės apskaitos įrašų perdavimą Kalėjimų departamentui;
• teisės aktų nustatyta tvarka priima į tarnybą pareigūnus ir valstybės tarnautojus, sudaro darbo sutartis su darbuotojais, rūpinasi pareigūnų įvadiniu profesiniu ir fiziniu parengimu, darbuotojų kvalifikacijos kėlimu, užtikrina jiems reikiamas darbo ir poilsio sąlygas;
• nustatyta tvarka organizuoja įstaigos dokumentų valdymą.

Kardomosios priemonės – suėmimo, arešto ir laisvės atėmimo bausmių vykdymo srityje:

• užtikrina įstatymų nustatytą pacientų apsaugą ir priežiūrą;
• tvarko pacientų įskaitą, priima pacientus į Laisvės atėmimo vietų ligoninę ir išrašo (paleidžia) iš jos, prireikus pristato (konvojuoja) pacientus į kitas asmens sveikatos priežiūros įstaigas;
• teisės aktų nustatyta tvarka tvarko pacientų asmens duomenis, susijusius su kardomosios priemonės – suėmimo ar bausmės vykdymu;
• vykdo nuteistųjų socialinę reabilitaciją;
• vykdo kriminalinę žvalgybą, atlieka ikiteisminius tyrimus, kitais būdais ir priemonėmis vykdo nusikalstamų veikų ir kitų teisės pažeidimų prevenciją;
• vykdo kriminalinę žvalgybą ir ikiteisminius tyrimus dėl įstaigos pareigūnų, nestatutinių valstybės tarnautojų ir darbuotojų korupcinio pobūdžio nusikalstamų veikų;
• teisės aktų nustatyta tvarka skiria paskatinimus ir nuobaudas įstaigoje laikomiems suimtiesiems ir nuteistiesiems;
• organizuoja darbingų pacientų užimtumą darbu įstaigoje, taip pat nuteistųjų užimtumą darbu už įstaigos teritorijos ribų;
• organizuoja pacientų užimtumą naudinga ir tikslinga veikla;
• dalyvauja rengiant įstatymų ir kitų teisės aktų projektus bausmių vykdymo srityje;
• nustatyta tvarka ir laiku informuoja Teisingumo ministeriją ir Kalėjimų departamentą apie kriminogeninės būklės pakitimus įstaigoje, teikia teisės aktų nustatytas statistikos ir kitas ataskaitas;
• teikia siūlymus Kalėjimų departamentui, taip pat savarankiškai rengia ir įgyvendina Europos Sąjungos struktūrinių fondų ir kitų paramos fondųfinansuojamus projektus bausmių vykdymo srityje.

Laisvės atėmimo vietų ligoninė, siekdama veiklos tikslų, atlieka ir kitas įstatymų ir kitų teisės aktų nustatytas funkcijas.