Vadovaujantis Lietuvos Respublikos Seimo 1998 m. birželio 25 d. nutarimu Nr. VIII-810 „Dėl Teisinės sistemos reformos metmenų (nauja redakcija) ir jų įgyvendinimo“, atsižvelgiant į Europos Tarybos inspektorių rekomendacijas ir siekiant integruoti Lietuvos bausmių vykdymo sistemą į pažangią bei humanišką pasaulinę penitencinę sistemą, Lietuvos Respublikos vidaus reikalų ministro 1999 m. sausio 11 d. įsakymu Nr. 22 „Dėl Pataisos reikalų departamento prie Lietuvos Respublikos vidaus reikalų ministerijos Mokymo centro įsteigimo“ buvo įkurtas Pataisos reikalų departamento prie Lietuvos Respublikos vidaus reikalų ministerijos Mokymo centras.

1999 m. sausio 15 d. Vidaus reikalų ministro įsakymu Nr. 24 „Dėl Pataisos reikalų departamento prie Lietuvos Respublikos vidaus reikalų ministerijos Mokymo centro nuostatų“ buvo patvirtinti Mokymo centro nuostatai.

Kadangi 2000 m. balandžio 18 d. buvo priimtas Lietuvos Respublikos tarnybos Kalėjimų departamente prie Lietuvos Respublikos teisingumo ministerijos statuto patvirtinimo įstatymas, nuo 2000 m. rugsėjo 1 d. buvo pakeistas Pataisos reikalų departamento pavaldumas ir pavadinimas. Dėl šių priežasčių dabartinis departamento pavadinimas yra Kalėjimų departamentas prie Lietuvos Respublikos teisingumo ministerijos (toliau – Kalėjimų departamentas), o mūsų įstaigos pavadinimas – Kalėjimų departamento prie Lietuvos Respublikos teisingumo ministerijos Mokymo centras (toliau – Mokymo centras). 

Vidaus reikalų ministro įsakymas dėl Mokymo centro įkūrimo

Mokymo centro įkūrimą rėmė Švedijos Kalėjimų ir probacijos administracija. Mokymo centrui buvo padovanoti baldai trims mokymo klasėms, skirti pinigai kompiuteriams įsigyti.