Kaip ir dauguma Lietuvos švietimo įstaigų, Mokymo centras nuo karantino paskelbimo Lietuvoje pradžios (nuo 2020 m. kovo 16 d.) pradėjo nuosekliai organizuoti ir vykdyti visus mokymus nuotoliniu būdu. Mokymai, perkeliant juos į virtualią mokymosi aplinką Moodle, organizuojami Mokymo centro kursantams, pataisos įstaigų ir Lietuvos probacijos tarnybos pareigūnams bei kitiems bausmių vykdymo sistemos darbuotojams.
Nuotoliniu būdu buvo vykdoma 14 mokymo programų, kuriose jau dalyvavo virš 1000 bausmių vykdymo sistemos darbuotojų.
Darbuotojams bus pasiūlyta rinktis naujas mokymo programas. Mokymo centras tęsdamas nuotolinio mokymo įgyvendinimo priemones nuo gegužės 20 d. pradės organizuoti ir vykdyti naujas kvalifikacijos tobulinimo programas, kurios yra naujos, teorinio pobūdžio, skirtos stiprinti specialiąsias bausmių vykdymo sistemoje dirbančių asmenų kompetencijas. Į mokymus pagal naujas programas užsiregistravo virš 300 darbuotojų.
Nuo 2020 m. birželio 1 d. Mokymo centras planuoja pradėti vykdyti 5 naujas kvalifikacijos tobulinimo programas, taip pat – Socialinę reabilitaciją vykdančių specialistų kompleksinę kompetencijų stiprinimo programą.